El Puerto de Huelva continúa llevando a cabo las obras de ampliación de la actual terminal ferroviaria del Muelle Sur con la construcción de una tercera vía para poder implantar así el servicio de Autopistas Ferroviarias. Este proyecto ha contado con fondos europeos del Plan de Recuperación, Transformación y Resiliencia (Mecanismo para la Recuperación y la Resiliencia, MRR), NextGeneration EU.

Las obras comenzaron en marzo de 2025 y corren a cargo de la empresa Asch Infraestructuras y Servicios S.A. Esta actuación consiste en la creación de una nueva vía (V3) de 1.211 metros de longitud, la ampliación de la terminal existente extendiendo la plataforma de la misma hacia el suroeste, sumando 15.112 metros cuadrados adicionales a la terminal actual, que ya contaba con 33.750 metros cuadrados pavimentados. Completa el proyecto la actualización y la renovación de los sistemas de seguridad, señalización, drenaje, e iluminación de la terminal.

La actual terminal ferroviaria está adaptada a trenes de 750 metros de longitud y dispone de un diseño de doble vía sobre placa, conectada con la vía de las instalaciones ferroviarias de la Autoridad Portuaria de Huelva y los viales rodados principales localizados junto al actual Puesto de Control Fronterizo (PCF).

Las conexiones ferroviarias actuales del Puerto de Huelva desde esta terminal ferroviaria del Muelle Sur comprenden dos trenes semanales con Abroñigal (Madrid) y dos trenes semanales con Fuenlabrada (Madrid), así como cuatro trenes semanales con Majarabique (Sevilla), todo ellos para el transporte de mercancía general contenerizada.